בכדי לתכנן ולבצע את הקמת ניצנה מונה צוות היגוי והקמה בין-מחלקתי, אשר בו שותפו אנשי המחלקה לעליית הנוער והמחלקה להתיישבות של הסוכנות בראש הצוות עמד, מראשיתו, חתן פרס ישראל אריה לובה אליאב ועימו מנהל הכפר דאז זאב זיוון. כמו כן הוקם ועד מנהל בראשותו של אלי עמיר - מנכ"ל המחלקה לעליית הנוער. מפעל ניצנה כפוף תקציבית וניהולית לסוכנות היהודית לארץ ישראל.

בכפר הוקמו, במהירות, יחידות טרומיות ואולתרו כמה מבנים קודמים על מנת להתחיל בפעולה עד סוף שנת 1987. ראישת עשייתה של ניצנה, היתה בתחום 'עליית הנוער' בתכניות כגון: נעל"ה 16, סל"ה (לנוער וצעירים מארצות חבר העמים לשעבר) ותכניות קדמ"א - קידום מוכנות אישית לצעירים יוצאי אתיופיה. לימים הפכה ניצנה למרכז חינוכי, כבית ספר שדה, המארח בין שעריו אלפי בני נוער מדי שנה במסגרת תכניות חינוכיות - טיולים שנתיים, סמינארים ועם השנים נוספו גם "בית העצמה" העורך סדנאות לימוד לבני נוער שסבלו ממחלה פיסית כמו כן לאחרונה מתקיימות בניצנה תוכניות מסע לנוער מחו"ל.

מי אנחנו ומה החזון?
מאז היווסדה ב-1987 ועד היום עוסקת בחינוך וקליטת עלייה. ניצנה מהווה אבן שואבת לנוער ולאוכלוסיה בישראל ובתפוצות. כל עשייתה ופעלה של ניצנה לאורך 20 שנות קיומה הינה בחינוך, בהעצמת האדם, הקניית ערכים של ציונות, פלורליזם, אהבת ארץ ישראל בכלל והנגב בפרט ובמתן דגש מיוחד לתחומים "הירוקים" – אנרגיה סולארית, קיימות, איכות סביבה והחי בהם.